Lịch sử manga bắt đầu từ rất sớm. Ở Nhật, người dân đã sớm có hứng thú với một loại nghệ thuật về tranh ảnh (sau này là manga) Manga thời kì này vẫn chỉ đơn giản là những dải truyện tranh ngắn. Tuy vậy, giá trị giải trí của nó là điều không ai có thể phủ nhận. Không những thế, manga còn giữ một vị trí quan trọng và đầy quan trọng xuyên suốt lịch sử mỹ thuật Nhật Bản. Manga phát triển từ ukiyo-e theo kiểu vẽ tranh. Nó phát triển nhanh chóng sau thế chiến thứ 2. Manga được hầu hết các hạng người đọc ở Nhật. Do hầu hết các danh từ trong tiếng Nhật không ở dạng số nhiều nên manga có thể dùng để chỉ nhiều loại truyện tranh, đôi khi trong tiếng Anh cũng được viết là mangas.

Vào khoảng giữa thế kỷ thứ VI và VII, những vị thầy tu đã sử dụng những cuộn giấy da có khắc hình như một loại lịch cho việc theo dõi thời gian. Những cuộn giấy này bao gồm những ký hiệu biểu tượng đại diện cho thời gian, và thường được trang trí bằng hình ảnh động vật như cáo, gấu trúc,... với những cử động y như người (được gọi là giga, hay chính xác hơn là choju-jinbutsu-giga tranh vui về thú vật và con người). Đây có thể được coi là tiền đề của Manga.

Đến cuối thế kỉ XVIII thì thuật ngữ "manga" mới thật sự được dùng để chỉ loại hình nghệ thuật này với sự xuất hiện của các tác phẩm đầu tiên như "Mankaku zuihitsu" của Suzuki Kankei, tập tranh "Shijino Yukikai" của Santo Kyoden. Đến đầu thế kỉ XIX, có "Manga hyakujo" của Aikawa Minwa cùng tuyển tập tranh Houkusai (manga được tổng hợp và phân loại từ những tác phẩm của nghệ sĩ tranh gỗ màu nổi tiếng Houkusai).

Thuật ngữ Manga được hoàn thiện bởi nghệ nhân Hokusai (đây không phải là tên thật), một họa sĩ sống với triết lý hội họa hoàn toàn khác so với nền nghệ thuật này lúc bấy giờ. Với tính cách đôi phần nổi loạn, Hokusai được biết đến với việc sẵn sàng cãi lại thầy giáo của mình, liên tục thách thức những phương pháp làm việc của họ. Về sau, ông tự tạo ra khoảng 30.000 tác phẩm, một vài trong số đó tập trung thành những tuyển tập hoặc sách đem đi xuất bản.

Theo Hokusai, "manga" không phải là nghệ thuật vẽ nhân vật trong một câu chuyện nào đó, hay là chú ý tỉ mỉ đến từng chi tiết một để có thể tạo ra những bức họa có tính giải trí và đầy ý nghĩa. Thay vào đó, thuật ngữ "manga" (mà theo nghĩa đen có thể dịch là "bức tranh kỳ quái") được Hokusai dùng để chỉ phương pháp vẽ một bức tranh dựa theo nét bút đưa hoặc vẽ vài vật chất lướt ngang trang hoàn toàn theo ngẫu hứng (điều này giải thích chữ "kỳ quái"). Tuy chúng hầu hết đều trở thành những bức tranh phong cảnh, người dân Nhật lại nhận ra, ẩn trong những nét vẽ thiên nhiên thoải mái nhưng rất chi tiết ấy, một cái gì đó khác hẳn với những bức họa trước đó, khi mà những người họa sĩ phải nhận thức được họ muốn vẽ gì trước khi đặt bút xuống. Lối tiếp cận vấn đề một cách tự nhiên của Hokusai, mặc dù có thể chính ông cũng không nhận ra điều đó, đã trở thành nền tảng cơ bản cho sự đa dạng của các mangaka hiện nay: họ không gắn mãi với một công thức nào mà luôn hướng theo những loại hình nhân vật, những cốt truyện khác nhau. Tuy nhiên, cho dù Hokusai đã tạo ra một bước đột phá mới bằng phong cách vẽ tranh này (một trong những phong cách ông sử dụng), những cuốn truyện "manga" thực sự đầu tiên vẫn chưa xuất hiện cho đến tận đầu thế kỷ XX.

Bước vào thế kỷ XX, cánh cửa ngoại giao Nhật Bản một lần nữa mở ra thế giới. Một trong số đó, những "dải truyện tranh ngắn"cũng được du nhập, trở thành chất xúc tác làm nên manga, một bộ phận thống trị của thị trường xuất bản Nhật hiện nay. Manga thời kỳ này được gọi là Ponchi-e. Nhật bắt đầu cho xuất bản những tờ tạp chí với nội dung biếm họa với độ dày từ 1-4 trang, đồng thời thuê những họa sĩ nước ngoài để dạy cho học sinh của họ về đường nét, màu sắc, dáng điệu.

Trong thời gian chiến tranh, truyện tranh Nhật và tranh biếm họa được sáng tác nhằm phục vụ nhiều mục đích khác nhau. Chúng có tính hài hước, tính giải trí, cũng như những truyện phương Tây, nhưng đồng thời chúng cũng được sử dụng với mục đích tuyện truyền hoặc châm biếm nhằm phục vụ lợi ích quốc gia, cổ vũ tinh thần binh lính. Tuy nhiên, dưới thất bại nặng nề dưới tay quân Đồng Minh vào cuối chiến tranh thế giới lần II, rất nhiều truyện tranh Nhật phải chịu sự kiểm duyệt nặng nề của phe chiến thắng, và sự phát triển của cái sẽ trở thành "manga" Nhật Bản dường như bị hoãn lại vô thời hạn.

May mắn thay, sau khi chiến tranh kết thúc, đã có một người đứng lên vực dậy nền nghệ thuật manga, đem đến cho nền văn hóa Nhật và đến thế giới, một thể loại manga hoàn toàn mới. Con người đó, Osamu Tezuka (với việc áp dụng phong cách vẽ của hoạt hình Disney và kỹ thuật điện ảnh của Đức và Pháp) đã góp phần định hình nên kiểu mẫu manga thực sự đầu tiên, và bắt đầu một nền công nghiệp mà đến giờ vẫn giữ vị trí chiến lược trong nền văn hóa Nhật Bản hiện đại. Vào năm 2007, manga chiếm lĩnh một thị trường toàn cầu nhiều tỷ đôla.